คณะกรรมาธิการร่วมว่าด้วยความร่วมมือทวิภาคีถูกจัดตั้งขึ้นในปี 1987 เพื่อเป็นกลไกทวิภาคีที่สำคัญ ในการส่งเสริมด้านความร่วมมือที่ครอบคลุมพื้นที่ชายแดน ระหว่างประเทศไทยและประเทศมาเลเซีย โดยประเทศไทยได้จัดตั้งคณะกรรมการร่วมกันกับประเทศมาเลเซีย ซึ่งตั้งแต่นั้นมาก็ได้กลายเป็นแบบจำลองสำหรับการจัดตั้งคณะกรรมาธิการร่วมว่าด้วยความร่วมมือทวิภาคีระหว่างประเทศไทยกับประเทศอื่นๆ ปัจจุบันคณะกรรมาธิการร่วมว่าด้วยความร่วมมือทวิภาคีระหว่างประเทศไทยและประเทศมาเลเซียมุ่งเน้นไปที่การส่งเสริมความร่วมมือในพื้นที่ชายแดน โดยเพราะในด้านการค้าและการลงทุนเกี่ยวกับพลังงานและการท่องเที่ยว
นอกจากนี้รวมไปถึงการดูแลแรงงานไทยในประเทศมาเลเซีย, อุตสาหกรรมอาหารฮาลาล, การศึกษาและการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ พร้อมทั้งสร้างความเชื่อมั่นในการจัดการปัญหาสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย
